En las primeras semanas de José Miguel G. Cortés al frente de la dirección del IVAM, las asociaciones de artistas visuales (AVVAC) y críticos de arte (AVCA) de la Comunitat Valenciana mantuvieron una primera reunión, que acabó en desencuentro ante la negativa del nuevo director de hacer público su proyecto de gestión y asumir el Código de Buenas Prácticas para el funcionamiento integral de la institución. Tras un primer comunicado al respecto, en el que artistas y críticos de arte defendían la independencia en la gestión del centro, Cortés hizo público su proyecto para el IVAM a través de la página web del Institut.
Una semana después, el sector del arte contemporáneo del Estado español en pleno, representado por dieciocho asociaciones profesionales, realizaba un pronunciamiento inequívoco solicitando al IVAM que transite en este nueva etapa a través del cauce marcado por las buenas prácticas, a la vez que se reclamaba la despolitización del Consejo Rector y la divulgación del resultado de una auditoría externa de las cuentas de la institución.
Ante una escena profesional que lo demandaba sin fisuras, el director del IVAM ha lanzado una comunicación en la que manifiesta su compromiso con la aplicación de los procedimientos de transparencia que caracterizan el Código de Buenas Prácticas. Las asociaciones profesionales prosiguen ahora sus gestiones a través de la Conselleria de Cultura de la Generalitat Valenciana, persiguiendo la despolitización del Consejo Rector del IVAM.
Este es el escrito divulgado desde el gabinete de prensa del IVAM:
El director del Institut Valencià d’Art Modern (IVAM), José Miguel G. Cortés, ha suscrito el Documento de Buenas Prácticas en Museos y Centros de Arte Contemporáneos. Este Documento fue acordado el 31 de enero de 2007 por el Ministerio de Cultura y todos los sectores de profesionales del arte contemporáneo, entre los que se encuentran la Asociación de Directores de Museos y Centros de Arte Contemporáneo, el Consorcio y la Unión de Asociaciones de Galerías, el Consejo de Críticos de Artes Visuales, la Unión de Asociaciones de Artistas Visuales y el Instituto de Arte Contemporáneo. El Documento traza un marco de referencia para el sector, aboga por una gestión cultural transparente, democrática y participativa, al tiempo que pretende ser una herramienta para mejorar las relaciones profesionales entre todos los agentes que intervienen en el mundo del arte contemporáneo.  El texto abarca importantes aspectos que van desde el papel social de los museos y centros de arte, las estructuras de gestión de los mismos y el mantenimiento de una relación con los artistas y comisarios colaboradores basada en las buenas prácticas profesionales, esto es, honorarios por el trabajo o los servicios prestados, respeto a los derechos de autor y formalización de los acuerdos mediante los contratos por escrito. Otro punto destacado del Código de Buenas Prácticas es el método de elección de los directores de museos mediante un concurso público y de carácter internacional con el fin de garantizar el desarrollo de su programa expositivo, tal y como ya se viene realizando en importantes instituciones museísticas, entre ellas, el IVAM.